绍兴四年(1134年)，迁驾部郎官。是年春，苏、湖地震，旱魃为虐，百姓流离失所，而朝廷又无力安抚，洪应诏进疏，其言击中朝廷纪纲之失，终为奸相秦桧等人所憎。未几，起知广德军(安徽)。赴任伊始，救荒革弊，率百姓建坡凿塘600余处。自此，旱情顿缓，百姓对其备加称赞。其后，洪擢提江东刑狱，知真州。在任时，为陈旉《农书》作后序。时真州为宋、金交兵冲要之地，疮痍满目，百业皆废。洪兴祖数次请奏减免民租，招抚难民，并动员百姓垦辟荒地7万余亩，以济灾苦，洪兴祖此举，遭同朝怨属嫉恨。不久，他便徙知饶州。绍兴二十四年(1154年)，洪因为已故龙图阁学士程瑀《论语解》撰序，不意序言多涉怨望，引起满朝非议。右正言王珉上言诋诬洪，云：“故龙图阁学士程瑀，本质妄庸，见识凡下，辄取先圣问答之书，肆为臆说。洪兴祖则为文以冠其首，则镂版以广其传，朋比之恶，盖极于此。”并恶言中伤洪兴祖云：“兴祖天资阴险，趋向不正，倾心附之，结为死党，如不痛惩，恐为乱阶。伏望圣断，将兴祖编置远方，以御魑魅。”时，秦桧柄权当国，谏官多出桧门，争相弹劾贤良以竞献媚之能事，朝中有望者，无不屏之远走。对王珉之言，亦竟无一人相责。洪兴祖素与秦桧言事不谐，曾与秦桧论：“乾坤”三封，秦桧言：“阴凝于阳必战。”洪兴祖不畏强权，奋起而斥：“阴终不可胜阳，犹臣终不可胜君；嫌于无阴，恶夫行己者。”秦桧以为嘲己，击案大怒。因此对洪兴祖恨之入骨，千方百计欲置于死地。同年十二月，洪兴祖编管昭州(广西平乐县)。次年八月，洪兴祖忧郁而卒。时年66岁。墓葬丹阳里庄竹塘村，后追赠敷文阁学士。