万历初年，傅应祯因为秉直劝谏被投入诏狱，李祯与同僚乔岩、给事中徐贞明前往监狱探视他，结果被贬职为长芦盐运司知事。调任归德推官、礼部主事，三次担任顺天府丞。万历十八年(1590)，洮、河地区出现警讯，他极力陈述贡市不是一种适宜策略，并趁机指责了边防官吏的四大过失。神宗认为已经互市通贡了二十年，不应当追究开始的事，于是压制了他的提议。他担任右佥都御史巡视湖广期间曾上书，说：“知县梁道凝遵循吏职，反而被记录下等考绩，应该惩罚徇私的人以便告诫其他的人。推荐官吏不应该专门涉及高品级的人，像赵蛟、杨果等下级幕僚，也应当大肆表彰他们。”赵蛟、杨果是万历初年由吏员破格提拔的人。神宗的诏令都答复可以。他被招见并任命为左佥都御史，再调任户部右侍郎。赵用贤因为拒绝婚事而遭攻击，户部郎中郑材又诋毁他。李祯驳斥了郑材的奏疏，话语触犯了他的父亲郑洛。郑材在气愤中又上奏指斥李祯，李祯请求退休，神宗不允许。御史宋兴祖请求将郑材改派到其他的部以回避李祯，保全大臣的体统，神宗就将郑材调出京城派往南京。李祯不久调往兵部升任左侍郎。万历二十四年(1596)，日本受封朝贡的事情不成，首辅赵志皋、尚书石星都遭弹劾。朝廷大臣讨论战守的情况，奏章全部下达到兵部。李祯等人说：“现在所讨论的只是战、守与封贡三件事。封贡则李宗城虽被招回，杨方亨依然在职。如果就此提议罢黜，不要说将中国的几百人沉沦在异国他乡，而且我方的兵粮还没集结，形势很难进行远征。应该命令杨方亨静候朝廷通告，文书来就封贡，不来就终止此议。我认为战守是务实之举，应该伺机应变。况且朝鲜一向遵守礼仪，我军的驻地，应该严禁骚扰、劫掠。”所得的圣旨采纳了他们的建议。但是他在奏疏中称赵志皋、石星应当离职。神宗下诏责备李祯，只指令议论战守的事情，为何擅自提及大臣的去留，姑且不予追究。赵志皋从此对李祯不满。第二年，石星被治罪，神宗指令李祯负责部里的事务。李祯认为平壤、王京、釜山都是朝鲜的要地，请求修建一座大城，兴屯田，开辟市镇，同时陈述了战守的十五条策略，都被同意施行。后来他又多次陈述方略。

四川遭敌寇袭击。李祯上奏称：“四川与陕西接壤，但是松潘地区一向没有敌寇为患，是因为诸少数民族充当了屏障。自从俺答在西部放牧，陇右地区就一片骚乱。此后陇右防备森严，敌寇不能逞威，但祸乱就转移到了四川。现在各少数民族大半都定居西部边疆。我浏览地图，从北部边界延伸至西部由小路抵四川，最多不过九十里。幸赖层岩叠嶂、天险屹立，如镇虏堡是漳脑的门户，虹桥关是松城的咽喉。关堡之外，有岭有崖，都可以据守。驻守阿玉岭，敌人就不能翻越天险窥视堡寨。驻守黄胜场，敌人就不敢跨过塞墩而扰关。其他地方如横山、寡石崖尤其险要，都应该赶紧商讨设防，命令抚镇大臣报告计划。”神宗答复可以。