1906年从日本回国，积极参与昆明人杨振鸿等组织的“兴汉会”，成为中坚力量。1920年重视云南省的文化教育，支持唐继尧创办东陆大学(今云南大学)参与筹备东陆大学工作。1922年被任命为东陆大学名誉校长，并连续担任三届校董事会董事。1923年孙传芳、段祺瑞、张作霖的代表与各省的代表在上海会谈，联名通电曹锟贿选，仍然作为云南省的代表出席。

1925年3月任命其(时任云南财政总长兼仕学馆副馆长)为执政政府教育总长。时正值以北京女师大为首的学潮风起，上任即引起北京各学校师生的强烈反对。在鲁迅《两地书》中有记载：4月10日因北女师大校长事，许广平写信给鲁迅说：“此君(指王九龄)手里能够得个好校长么？”4月22日鲁迅回信说：“由我看来，王九龄要好得多罢。校长之事，部中毫无所闻，此人之来，以整顿教育自命，或当别有一反从前一切之新法(他是大不满于今之学风的)。”4月底托辞离职回云南，由章士钊暂兼教育总长。1927年任云南省省务委员。

先后历任云南省总检察厅总裁委员，云南省盐运使，云南省高等法院委员，蒙自海关监督，云南省议会联署议员，云南省云龙县顾问，云南省佛教会理事长、佛教院董，云南省参议会第一届三次会议议员等职务。

晚年息政退隐，潜心佛学研究，与虚云法师过从甚密。1945年将所珍藏的全部佛经捐赠给华亭寺。虽离开家乡较早，但无时不在关心家乡的发展。1946年经多方努力，功果吊桥得以建成。1949年任云南人民和平促进会理事，为云南的和平解放作出了贡献。中华人民共和国成立后，他于1950年将一生所收藏的文物古籍捐赠给人民政府，以宗教界人士参加政协云南省第一届委员会议。1951年9月17日，因脑溢血在昆明逝世，终年71岁。